Iglesia y Estado durante la República Autoritaria
A pesar de que varios clérigos participaron del proceso revolucionario que acabó con la presencia española en Chile, la postura oficial de la Iglesia fue en extremo conservadora y proclive a los peninsulares. Debido a esta situación, en los primeros años de vida republicana de Chile la necesidad de establecer los términos de entendimiento entre la Iglesia y el Estado resultó apremiante para las diferentes administraciones.
El objetivo que los primeros gobiernos chilenos perseguían era que el Estado Vaticano reconociera oficialmente a la República de Chile y que le concediera al gobierno el derecho de patronato. Con esta misión, durante la administración O’Higgins, Juan Ignacio Cienfuegos fue enviado a Roma y consiguió la visita de Juan Muzzi, quién venía acompañado del futuro papa Pío IX. Sin embargo, la inspección de Muzzi arribó en pleno gobierno de Freire y no logró alcanzar un entendimiento.
A partir de 1831, junto con el ascenso al poder de los conservadores, las relaciones entre la Iglesia y el Estado tendieron a mejorar; de hecho, la Constitución de 1833 establecía que la religión oficial del Estado era la católica, apostólica y romana. Como respuesta a esta declaración, en el año 1840 el Vaticano reconoció oficialmente la independencia de Chile.
La unión de la Iglesia y el Estado significó para la primera la posibilidad de ejercer una considerable influencia en varios ámbitos de la vida cotidiana de la sociedad chilena. Por ejemplo, la institución del matrimonio se regulaba mediante la legislatura eclesiástica y, además, los miembros del clero disfrutaban de fuero y sólo podían ser enjuiciados por las autoridades religiosas.
Esta dinámica resultaba ventajosa para ambas partes ya que el estricto control que la Iglesia ejercía en los asuntos religiosos servía de apoyo para la implementación de las políticas conservadoras y autoritarias del gobierno. De hecho, algunos historiadores sostienen que la base del orden portaliano se hallaba en esta alianza entre la Iglesia y el Estado, lo que en la práctica resultaba una réplica del antiguo sistema colonial, en el que la figura del monarca fue reemplazada por la del Presidente de la República.
El predominio de la Iglesia encontraba el rechazo de los liberales, los que cuestionaban su injerencia en temas de carácter político y social; debido a su oposición a la Iglesia, en este periodo se conoció a los liberales como “anticlericales”.
Por otro lado, la presencia de importantes colonias extranjeras que profesaban otros credos religiosas, como los comerciantes ingleses (anglicanos) en Valparaíso y los colonos alemanes (luteranos) en el sur del país, llevó al Estado a introducir una serie de excepciones en la legislación para permitir hechos como el matrimonio bajo otras prácticas religiosas distintas del catolicismo. Sin embargo, la posibilidad de establecer y promulgar la libertad de culto estaba lejos de las intenciones de los conservadores.